El CENAPRED es un órgano desconcentrado de la Secretaría de Gobernación, jerárquicamente subordinado a la Coordinación General de Protección Civil.

EL CENAPRED está estructurado en cuatro direcciones que atienden las actividades sustantivas, y dos direcciones de apoyo, todas bajo la supervisión del Ing. Roberto Quaas Weppen, Director General del CENAPRED. En la actualidad el centro tiene una plantilla laborable de 112 personas, de la cuales 26 corresponden a plazas de mandos medios, 42 a personal de investigación y el resto de plazas operativas.

Como órgano superior, existe una Junta de Gobierno, la cual es presidida por el C. Secretario de Gobernación, y está integrada por representantes de las dependencias responsables de prevenir y atender desastres.